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引物設計篇---如何使用NCBI設計引物

作者:上海捷瑞生物工程有限公司 瀏覽:764 發表時間:2020-03-02 14:32:44

説在前面

RNAi,mRNA,siRNA,shRNA,miRNA,這麼多的RNA,怎麼區分?是不是看到都頭大了呢,莫急莫慌,捷瑞生物來幫忙,今天我們給您做一個簡要的整理,供大家的日常實驗做參考。希望對大家能有一點點幫助哦

首先出場的是RNAi

 RNAi英文全名  RNA interference   

             中文名  RNA干擾

是指在進化過程中高度保守的、由雙鏈RNA(double-stranded RNA,dsRNA)誘發的、同源mRNA高效特異性降解的現象。基因沉默,主要有轉錄前水平的基因沉默(TGS)和轉錄後水平的基因沉默(PTGS)兩類:TGS是指由於DNA修飾或染色體異染色質化等原因使基因不能正常轉錄;PTGS是啓動了細胞質內靶mRNA序列特異性的降解機制。有時轉基因會同時導致TGS和PTGS。

由於使用RNAi技術可以特異性剔除或關閉特定基因的表達,(長度超過三十的dsRNA會引起干擾素毒性)所以該技術已被廣泛用於探索基因功能和傳染性疾病及惡性腫瘤的治療領域。

下面向大家招手的是mRNA

 mRNA英文全名  message RNA 

              中文名  信使RNA


信使RNA是由DNA的一條鏈作為模板轉錄而來的、攜帶遺傳信息的能指導蛋白質合成的一類單鏈核糖核酸。

以細胞中基因為模板,依據鹼基互補配對原則轉錄生成mRNA後,mRNA就含有與DNA分子中某些功能片段相對應的鹼基序列,作為蛋白質生物合成的直接模板。mRNA雖然只佔細胞總RNA的2%~5%,但種類最多,並且代謝十分活躍,是半衰期最短的一種RNA,合成後數分鐘至數小時即被分解。

看!現在走來的竟是近幾年新寵miRNA

 miRNA英文全名   microRNA

               中文名   微小RNA

MicroRNA (miRNA) 是一類內生的、長度約為20-24個核苷酸的小RNA,其在細胞內具有多種重要的調節作用。每個miRNA可以有多個靶基因,而幾個miRNA也可以調節同一個基因。這種複雜的調節網絡既可以通過一個miRNA來調控多個基因的表達,也可以通過幾個miRNA的組合來精細調控某個基因的表達。據推測,miRNA調節着人類三分之一的基因。最近的研究表明大約70 %的哺乳動物miRNA 是位於TUs區 ,且其中大部分是位於內含子區( Kim &Nam , 2006) 。一些內含子miRNA 的位置在不同的物種中是高度保守的。miRNA 不僅在基因位置上保守, 序列上也呈現出高度的同源性(Pasquinelli etal , 2000 ; Ruvkun et al , 2001 ; Lee & Ambros ,2001) 。miRNA 高度的保守性與其功能的重要性有着密切的關係。miRNA 與其靶基因的進化有着密切的聯繫, 研究其進化歷史有助於進一步瞭解其作用機制和功能。

下一個是赫然是有名的shRNA

 shRNA英文全名   short hairpin RNA

               中文名   髮夾RNA



shRNA是英文單詞short hairpin RNA的縮寫。翻譯為“短髮夾RNA”。shRNA包括兩個短反向重複序列。克隆到shRNA表達載體中的shRNA包括兩個短反向重複序列,中間由一莖環(loop)序列分隔的,組成髮夾結構,由polⅢ啓動子控制。隨後再連上5-6個T作為RNA聚合酶Ⅲ的轉錄終止子。

在活體中輸送“小干擾RNA”(siRNA)的一種辦法是,將siRNA序列作為“短髮夾”克隆進質粒載體中。當送入動物體內時,該髮夾序列被表達出來,形成一個“雙鏈RNA”(dsRNA),並被RNAi通道處理。然而,對成年小鼠肝臟中shRNA的表達的長期效應所做的一項研究為我們敲響了警鐘。該研究結果表明,很多shRNA在小鼠中表達時是有毒的。這種經常是致命的毒性似乎是由shRNA與內生微RNA之間為與Exportin-5結合所展開的競爭造成的。Exportin-5是一個參與將分子輸送出細胞核的因子。人們對開發基於shRNA的療法非常感興趣,而此前幾乎沒有證據表明shRNA在活體中有很強毒性。

最後是siRNA

 siRNA英文全名   short/small interfering RNAs

           中文名   小干擾RNA

小干擾RNA(Small interfering RNA;siRNA)有時稱為短干擾RNA(short interfering RNA)或沉默RNA(silencing RNA),是一個長20到25個核苷酸的雙股RNA,在生物學上有許多不同的用途。目前已知siRNA主要參與RNA干擾(RNAi)現象,以帶有專一性的方式調節基因的表達。此外,也參與一些與RNAi相關的反應途徑,例如抗病毒機制或是染色質結構的改變。不過這些複雜機制的反應途徑目前尚未明瞭。


siRNA和shRNA的關係


siRNA(下面)是人工合成的RNA,可直接導入細胞發揮RNA干擾作用;shRNA(左上) 需通過載體導入細胞後,然後利用細胞內的酶切機制得到siRNA 而最終發揮RNA干擾作用

miRNA和siRNA的關係


1.miRNA是內源的,是生物體的固有因素;而siRNA是人工體外合成的,通過轉染進入人體內,是RNA干擾的中間產物。

2. 結構上,miRNA是單鏈RNA,經過加工成雙鏈RNA,而siRNA是雙鏈RNA

RNAi作用機理

miRNA,siRNA和shRNA最終目的都是通過作用於mRNA的特定區域,調節mRNA的表達。


上海捷瑞RNA合成業務簡介

        RNA oligo作為一種重要研究工具,被廣泛應用於基因功能分析、新型治療策略開發等研究應用中。捷瑞生物提供高質量的RNA合成定製服務,可滿足廣大客户不同需求。


                                                                            


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